Hrabia Jan Kazimierz Krasiński h. Ślepowron (1607-1669), dziedzic dóbr węgrowskich, podskarbi wielki koronny (1658-1669), dnia 27 czerwca 1668 roku zadeklarował ojcom reformatom kongregacji warszawskiej nową fundację w Węgrowie. W dniu 11 sierpnia 1673 roku ks. Tomasz Leżeński/Leżyński h. Nałęcz (ok. 1603-1675), biskup łucki (1667-1675), wydał dokument zatwierdzający fundację kościoła i klasztoru w Węgrowie. Sejm koronacyjny w 1674 roku zatwierdził fundację klasztoru. Dnia 9 maja 1675 roku zostały zakupione place i wytyczone granice posiadłości. W ślad za tym postawiono najpierw drewniany kościół, a następnie murowany klasztor, którego budowę zakończono w 1693 roku. W tymże roku 25 czerwca ks. Paweł Konstanty Dubrawski (ok. 1649-1714), dziekan kapituły przemyskiej, późniejszy biskup tytularny Lorea (5 października 1699 r.) sufragan przemyski (1699-1714) i wikariusz kapitulny diecezji łuckiej (1701-1703), wydał zgodę na budowę murowanego kościoła. Kamień węgielny został położony 29 czerwca 1693 roku.
Budowę kościoła pw. św. Piotra z Alkanary i św. Antoniego z Padwy ukończono w 1705 roku. Jego projektantem był prawdopodobnie architekt królewski (1672) Tylman z Gameren Gamerski (ok. 1632-1706), a wykonawcą włoski architekt Carlo Ceroni (ok. 1647-1721). Wnętrze kościoła zostało ozdobione polichromią, którą wykonał w latach 1706-1711 florencki malarz Michał Anioł Palloni (1637-ok. 1713), malarz nadworny (1688). Świątynię konsekrował 26 maja 1711 roku ks. Aleksander Benedykt z Wyhowa Wyhowski (1649-1714), biskup łucki (1703-1714). W Niedzielę piątą po Świątkach w dzień św. Bonawentury, czyli 14 lipca 1715 roku odbyło się uroczyste zakończenie budowy i przekazanie ojcom reformatom nowego kościoła przez syna fundatora - Jana Bonawenturę (Dobrogosta) hr. Krasińskiego (1639-1717), wojewodę płockiego (1688-1717). Jednocześnie w latach 1706-1715 wzniesiono murowany klasztor, kosztem wspomnianego Jana Bonawentury hr. Krasińskiego.
W ramach represji po Powstaniu Styczniowym w 1865 roku klasztor został zamknięty, a w 1867 roku oddany rosyjskiemu Ministerstwu Oświaty. Dzięki staraniom ks. Stanisława Broniszewskiego, w latach 1883-1884 kościół został gruntownie odrestaurowany. W 1892 roku naczelnik powiatu Wasyl Laurentowicz Kotow, były uczestnik wojny krymskiej (1853-1856) i prześladowca powstańców styczniowych (1863), urządził cerkiew prawosławną na pierwszym piętrze gmachu klasztornego. W późniejszym okresie mieściła się tutaj szkoła i straż pożarna. W roku 1922 reformaci zrzekli się własności na rzecz diecezji podlaskiej.
Przez długie lata kościół ten funkcjonował jako filialny w stosunku do parafii węgrowskiej. W 1970 roku został podniesiony do rangi kościoła rektoralnego - szkolnego. Dekretem z dnia 1 marca 1994 roku ks. Władysław Jędruszuk (1918-1994), biskup drohiczyński (1991-1994), erygował samodzielną jednostkę kościelną. Nową parafię proklamował dnia 30 lipca 1994 roku ks. Antoni P. Dydycz, biskup drohiczyński. Pierwszym proboszczem został mianowany ks. kan. Zbigniew Latosi - wieloletni rektor tejże świątyni i prefekt szkół średnich w Węgrowie. W 2011 roku przy parafii powstało Katolickie Przedszkole św. Antoniego.
Z parafii poreformackiej pochodzi ks. dr Józef Wysocki, biskup pomocniczy diecezji elbląskiej.
Kaplica:
Jartypory - Punkt duszpasterski powstał dzięki staraniom ks. Jana Iwaniuka (1917-1985), proboszcza węgrowskiego w latach 1968-1985. Kolejny proboszcz (1985-1997) ks. prał. Edward Domański (1927-1997) zbudował w latach 1985-1988 nową, murowaną kaplicę pw. Miłosierdzia Bożego, którą dnia 2 lipca 1989 roku poświęcił ks. Jan Mazur, biskup siedlecki czyli podlaski (1968-1996).
Oprac. ks. dr Zbigniew Rostkowski
